Czechia – Research laboratory services – Vybrané masivně paralelní sekvenační služby pro projekty OP JAK v MBÚ – smlouva na 24 měsíců

Dodaný vzorek genomové DNA bude zkontrolován a bude určena jeho vhodnost pro sekvenaci. Ze vzorku bude dodavatelem připravena knihovna. Tato knihovna bude následně sekvenována v délce čtení 150 bp v párovém režimu (2×150 bp) a s min. výstupem 1,5 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 1. Jako sekvenační výstup budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu. Předpokládaný objem za 24 měsíců – 133 vzorků.

Tento příklad sestává z 15 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Ze vzorků bude dodavatelem připraven soubor knihoven (sekvenační pool) s unikátními indexy pro každý vzorek. Tento pool bude následně sekvenován v délce čtení 150 bp v párovém režimu (2×150 bp) a s min. výstupem 50 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 2. Získaná data budou následně bioinformaticky zhodnocena. Toto zhodnocení zahrnuje minimálně identifikaci, kvantifikaci a mapování transkriptů a srovnání genové exprese a vzorků či skupin vzorků a určení míry (násobky exprese) a signifikance těchto změn. Tyto výsledky budou zadavateli předány, či umožněno stažení ze serveru dodavatele, minimálně formou hrubých dat ze sekvenace, celkové tabulky s výsledky a tabulek a grafů dokumentujících rozdíly v expresi. Předpokládaný objem za 24 měsíců – 12 poolů.

Tento příklad zahrnuje sekvenaci poolu sestávajícího z několika knihoven, připravených pomocí Chromium Next GEM Single Cell 3´ nebo 5´ Reagent kit, kdy fragmenty DNA jsou vybaveny specifickými adapterovými sekvencemi nezbytnými pro sekvenování na platformě Illumina nebo obdobné. U vstupního materiálu (1 pool) požadujeme kontrolu kvality pomocí kapilární elektroforézy, např. Agilent nebo obdobné, a vlastní sekvenaci v délce čtení 150 bp v párovém režimu s výtěžkem min 240 Gb a v kvalitě definované v popisu Části 3. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován a zároveň z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu. Předpokládaný objem za 24 měsíců – 9 poolů.